En una instalación reciente de Ubuntu 12.04 con Gnome Shell se necesitaba definir como monitor principal el opuesto al que tomaba Gnome Shell. Esto lo hacemos de la siguiente forma.
Primero veamos cuales son los displays que tenemos con el comando:
xrandr
Esto nos arroja los displays que tenemos conectados. Y setear como principal al que queramos es tan sencillo como lo siguiente:
xrandr --output <display> --primary
Donde <display> es el dispositivo que deseamos como principal. Si tenemos conetado un HDMI y un VGA definiremos al principal como
xrandr --output HDMI1 --primary
ó
xrandr --output VGA1 --primary
Con esto se nos setea como princpial el monitor que queremos y automáticamente se cambia la barra superior de menú.
Actualización
Con esta solución cuando reiniciamos o cerramos la sesión se pierden los cambios. Recordé que hay un archivo personal de configuración de los monitores que es está ubicado en ~/.config/monitors.xml
En este archivo debemos buscar la etiqueta <primary>yes</primary> al monitor que deseemos como principal le damos el valor yes y al otro no
Con esto cada vez que iniciemos la sesión tendremos como principal el monitor que deseamos. Siempre teniendo en cuenta que es un archivo de configuración de cada usuario. Por lo que si inicia sesión otro usuario se deberá configurar dicho archivo para el usuario en cuestión.